Chính phủ Khmer Đỏ đã bắt giữ, tra tấn và sau đó hành quyết bất kỳ ai bị nghi ngờ thuộc một trong nhiều tiêu chí bị nghi ngờ là "kẻ thù":

• Bất kỳ ai có quan hệ với chính phủ cũ hay các chính phủ nước ngoài.
• Người chuyên nghiệp và trí thức – trên thực tế tiêu chí này bao gồm hầu hết mọi người có giáo dục, hay thậm chí những người đeo kính (mà, theo chế độ, có nghĩa là họ có học). Chính Pol Pot là một người có trình độ giáo dục đại học (dù bỏ ngang) với lòng yêu mến văn học Pháp và cũng là một người nói thạo tiếng Pháp. Nhiều nghệ sĩ, gồm cả các nhạc sĩ, tác gia và nhà làm phim đã bị hành quyết. Một số người như Ros Sereysothea, Pan Ron và Sinn Sisamouth đã có được danh tiếng nhờ tài năng và đến ngày nay vẫn được người Khmer biết đến.
• Sắc tộc Việt Nam, sắc tộc Hoa, sắc tộc Thái và các sắc tộc thiểu số khác ở Cao nguyên miền Đông, người Campuchia theo Cơ đốc giáo (hầu hết là Công giáo), tín đồ Hồi giáo (người Chăm) và các tu sỹ Phật giáo. Thánh đường Công giáo ở Phnom Penh bị phá hủy hoàn toàn. Khmer Đỏ buộc các tín đồ Hồi giáo phải ăn thịt lợn, thứ họ kiêng (ḥarām). Nhiều người từ chối thực hiện bị giết hại. (Một chính sách tương tự cũng được thực hiện ở Trung Quốc thời Mao Trạch Đông, nơi những tín độ Hồi giáo bị buộc phải nuôi lợn). Giáo sĩ Công giáo và Hồi giáo bị hành quyết. Một trong những chỉ huy cũ của Khmer Đỏ, Comrade Duch, đã chuyển theo Tin Lành vài năm sau khi chế độ này sụp đổ[cần dẫn nguồn].
• "Những kẻ phá hoại kinh tế": nhiều người dân thành thị cũ (những người chưa chết vì đói khát) được cho là có tội vì thiếu khả năng làm nông nghiệp.

Trong suốt những năm 1970, và đặc biệt sau nửa đầu năm 1975, đảng cũng rung chuyển bởi những cuộc đấu tranh phe nhóm. Đã có những âm mưu quân sự lật đổ Pol Pot. Những cuộc thanh trừng sau đó lên đến đỉnh điểm năm 1977 và 1978 khi hàng nghìn người, gồm cả một số lãnh đạo quan trọng của Đảng Cộng sản Campuchia bị hành quyết.

Ngày nay, các ví dụ về các phương pháp tra tấn được Khmer Đỏ sử dụng được trưng bày trong Bảo tàng diệt chủng Tuol Sleng. Bảo tàng được dựng trên nền đất cũ của một trường trung học bị biến thành trại tù được gọi là S-21 do Khang Khek Ieu (Kaing Guek Eav) chỉ huy, thường được biết với cái tên "Đồng chí Duch". Khoảng 17.000 đã bị chuyển qua trung tâm này trước khi họ bị đưa tới những địa điểm được gọi là những cánh đồng chết, bên ngoài Phnom Penh như Choeung Ek, nơi hầu hết bị hành quyết chủ yếu bằng cuốc chim để tiết kiệm đạn, và bị chôn trong những ngôi mộ tập thể. Trong hàng nghìn người phải vào trại Tuol Sleng, chỉ 12 người sống sót. Những người này được cho là đã còn sống bởi có kỹ năng, được những kẻ giam giữ coi là hữu ích.

Những tòa nhà tại Tuol Sleng đã được giữ nguyên như khi Khmer Đỏ rút khỏi đây năm 1979. Nhiều phòng hiện treo những bức ảnh đen trắng của hàng nghìn người do Khmer Đỏ chụp.[16]